Il problema epistemologico fondamentale non è più quello di trovare un momento di unificazione dei diversi punti di vista, una sintesi pacificatrice dei conflitti, ma "piuttosto quello di comprendere come punti di vista differenti si producano reciprocamente".

Così, all'eclissi dell'immagine classica di una razionalità, tipica dell'epistemologia monoculturale, capace, attraverso sintesi sempre più ampie, di esaurire la comprensione del mondo, si contrappone l'immagine di una ragione "plurale". In altri termini, la decostruzione dell'immagine di razionalità monolitica (che si è estesa poi alle altre categorie connesse, come quella di progresso e di tempo lineare) ha fatto esaltare le differenze; differenze che non sono mediabili o unificabili da una logica dialettica, ma sono irriducibilmente costitutive dei vari campi della conoscenza.

Il problema fondamentale non è ora quello di rendere omologhe tali differenze, ma di accettarle e metterle in feconda interazione tra loro.

In particolare ciò riguarda il problema della conoscenza scientifica: è qui che è avvenuta una vera e propria rivoluzione epistemica.

Già Piaget aveva fatto intervenire la soggettività come elemento costitutivo del conoscere, ritenendo con ciò non di cadere in una forma d'irrazionalismo ma di dare un supporto nuovo alla razionalità umana.

L'ulteriore passo compiuto dal pensiero della complessità, è stato di elaborare un'epistemologia in cui cambia radicalmente il rapporto tradizionale del soggetto con l'oggetto. "L'impasse della modernità, sottolinea Ceruti, è in particolar modo la crisi di una teoria dell'osservatore basata sull'idea di un luogo centrale dal quale osservare e sul quale giudicare il mondo". Si tratta appunto di formulare una nuova teoria della conoscenza, un metodo capace di reintegrare l'osservatore nelle sue stesse osservazioni.

Nell'epoca della globalizzazione, affermano i teorici della complessità, caratterizzata da forme di esperienza del tutto inedite, dall'accelerazione dei ritmi temporali e dall'imprevedibilità delle relazioni e dei saperi, la creazione continua di nuove e impreviste connessioni interdisciplinari sconvolge le tradizionali suddivisioni delle discipline tradizionali.

Oggi la teoria della complessità ci consente, dunque, di comprendere che le scienze "dure" e quelle "umane" hanno la stessa struttura cognitiva, e così sono superate le separazioni fra le diverse discipline, e conseguentemente non c'è più il privilegiamento di una disciplina rispetto alle altre: tutte, e insieme, concorrono alla conoscenza e alla modificazione della realtà.